別居中であっても夫婦関係が破綻していると判断されない限り不貞行為に対する慰謝料は請求出来ます。
つまりは別居イコール夫婦関係の破綻や離婚とは限りません。
離婚するための別居という合意がされていれば、すでに夫婦関係が破綻していることになります。
また、あまりにも長い期間の別居も破綻とみられることがあります。
しかし「お互いのことを考えるための冷却期間」や「夫婦関係の修復の可能性も含めて少しのあいだの別居」だと合意がある場合には夫婦関係が破綻しているとは言えませんので、別居期間中の不倫であっても不法行為となり慰謝料も請求できます。
不倫の慰謝料をお考えなら、離婚を前提とした別居ではなく、あくまでお互いの関係を考え直す期間としての別居であることを意思表示して相手と合意しておきましょう。
別居中であっても夫婦にはお互いの生活を助け合う義務があります。
例えば、相手の不倫や暴力により家を出ていき別居している妻(子も含む)は自ら家を出て行ったとしてもその生活費や養育費を夫に請求することが出来ます。
仮に、妻が有責配偶者で勝手に別居してしまった場合においても夫は生活費や養育費を支払わなければなりません。
父親への親権についてもご覧ください